Onderzoeksprojecten

HIV infectie kan op een efficiënte manier onderdrukt worden met de huidige generatie van antiretrovirale geneesmiddelen. Helaas blijft er een klein maar stabiel reservoir van infectieus HIV DNA aanwezig in het genoom van lang levende CD4+ T-cellen. Dit reservoir is voldoende om de HIV infectie opnieuw in gang te zetten op het moment dat de antiretrovirale medicatie stilgelegd wordt. De vernietiging van het HIV reservoir wordt dan ook aanzien als de laatste horde voor we een effectieve genezing voor HIV infectie kunnen vinden. Onze onderzoeksgroep probeert het in vivo HIV reservoir de karakteriseren bij patiënten op antiretrovirale medicatie, teneinde een beter inzicht te verwerven over de compositie van het reservoir. Daarnaast voeren we experimenteel in vitro onderzoek uit om de fundamentele mechanismen die leiden tot HIV persistentie verder bloot te leggen.

Karakterisatie van het HIV reservoir in vivo

Onze onderzoeksgroep ontwikkelt nieuwe, gevoelige meetmethoden om de grootte en de dynamiek van het HIV reservoir in patiënten beter in kaart te brengen. Wij onderzoeken of verschillende soorten van de huidige medicaties een andere impact hebben op de grote van het virale reservoir. Daarnaast proberen we ook functioneel genezen patiënten en ‘elite controlers’ te onderzoeken. Deze patiënten vormen een kleine subgroep die de HIV infectie zonder behulp van medicatie kan onderdrukken, al dan niet na een eerdere periode van intensieve medicatie.

Recent hebben wij nieuwe meetmethoden ontwikkeld aan de hand van het droplet digital PCR platform om episomaal HIV DNA en cellulair HIV RNA te meten {(links De Spiegelaere Touchdown, Kiselinova papers)}. Daarnaast hebben we ook een in-huis digitale PCR ontwikkeld voor het meten van geïntegreerd HIV DNA {(link: De spiegelaere et al.,+website link)}. Op dit moment ontwikkelen we een manier om de specifieke integratieplaatsen van HIV DNA in the humane genoom te onderzoeken.

Ontwikkeling van in vitro latentie modellen

Relevante celcultuurmodellen die HIV latentie in vitro nadoen zijn nodig, omdat het onderzoek naar HIV latentie in vivo niet of nauwelijks mogelijk is. Onze groep heeft een veelgebruikt celcultuurmodel geïmplementeerd dat in vitro gedifferentieerde centrale geheugencellen gebruikt om HIV latentie te veroorzaken in samenwerking met Prof. A. Bosque en V. Planelles (Utah University).

De rol van niet coderende RNA fragmenten in HIV infectie/latentie

Lange –niet coderende RNA fragmenten ‘long non-coding RNA’ (lncRNA) werd vroeger vooral omschreven als een bijproduct zonder biologisch relevante rol. Recent wordt het duidelijk dat lncRNAs een heel belangrijke rol spelen in verschillende cellulaire processen, zoals transcriptie en epigenetische editing. Omwille van het belang van transcriptie en van epigenetische editing in HIV latentie is het waarschijnlijk dat deze moleculen ook een belangrijke rol zullen spelen voor de ontwikkeling van het HIV reservoir. Onze groep voert transcriptoom analyses uit om belangrijke lncRNAs voor HIV infectie en latentie te identificeren. Hiervoor gebruiken we micro-array analysis, deep sequencing en RT-qPCR. Daarnaast doen we een functionele validatie met behulp van knock down experimenten op het latentie model.

Internationale projecten

  • amfAR project: Analyse van de grootte van het HIV reservoir en HIV replicatie in gedefinieerde patiënten cohortes {http://www.amfar.org/Articles/In-The-Lab/Research-Grants/Previous-Grants/February-2012--amfAR-Ramps-Up-Investment-in-HIV-Cure-Research/}
  • HIVERA project: Eranet to Unravel new Roads to Eradication and a Cure for Aids (Eureca) {http://www.kuleuven.be/molmed/eureca/eurecaproject.html}