Op 12 september 2003 werd hij door de Vlaamse regering belast met het toezicht op de Associatie waarvan de UGent deel uitmaakt. Sinds 1 oktober 2003 zijn deze associaties volledig operationeel.

Bij de Associatie UGent zal Yannick De Clercq toezien op de overeenstemming van de beslissingen van de associatie met de regelgeving en op het vrijwaren van het financieel evenwicht.

Tegen elke beslissing van de associatie die hij strijdig acht met de regelgeving of met het financieel evenwicht, dient de commissaris van de Vlaamse regering beroep in bij de Vlaamse regering.