Twee onderzoekslijnen staan centraal in het Centrum voor EU-Studies.

De eerste onderzoekslijn is de studie van de Europese besluitvorming. De nadruk ligt hier niet meteen op de juridische aspecten van de besluitvormingsprocessen, maar vooral op de politiek-wetenschappelijk en de theoretische dimensie: de actoren, de onderlinge verhoudingen, de machtsmiddelen, inspraak, legitimiteit, etc. Ook de impact van Europa op nationale en regionale entiteiten en de manier waarop deze wel of niet participeren aan de Europese besluitvorming komen hierbij aan bod. Onderzoek heeft onder meer betrekking op het communicatiebeleid van de EU, het sportbeleid van de EU of de problematiek om milieubekommernissen te integreren in andere beleidsdomeinen.

De tweede onderzoekslijn gaat over het extern beleid van de EU. De klemtoon ligt niet zozeer op aspecten van ‘harde veiligheid’ en klassiek buitenlands beleid, maar eerder op de communautaire dimensie van het extern optreden. De EU is immers op diverse manieren aanwezig in de wereld: op multilaterale milieuconferenties, in de wereldhandelsorganisatie, in de VN, in het debat over ontwikkeling, via uitbreiding, de uitbouw van een politiek van nabuurschap, etc. Het zijn deze fenomenen en processen die door het Centrum worden bestudeerd, vanuit politiek-wetenschappelijk perspectief en opnieuw met inbegrip van de theoretische dimensie.

Sinds 2005 werden er zes doctoraten verdedigd en momenteel lopen er een twintigtal onderzoeksprojecten, voornamelijk gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen, het Bijzonder Onderzoeksfonds van de UGent en de Vlaamse Interuniversitaire Raad

Lopende onderzoeksprojecten

• Human rights and EU development policy. The reasons for sanctioning ACP countries • FWO-mandaat: Karen Del Biondo • oktober 2008 - september 2012.
• Everybody needs good neighbours. De drijfveren achter het Europees Nabuurschapsbeleid ten aanzien van de Mediterrane regio • BOF-mandaat: Vicky Reynaert • oktober 2008 - september 2012.
• The European Union in the world: Between Bilateralism, Inter-regionalism and Multilateralism • Francis Baert • 2008 - 2012.
• The possible integration of the Southern Caucasus to the European Union structures: a case study of oil-rich Azerbaijan • Ramin Shafagatov • oktober 2008- september 2012.
• How development friendly are the Economic Partnership Agreements? Perception of East and South African stakeholders • VLIR-UOS-mandaat: Sarah Delputte • oktober 2009 - september 2013.
• De dynamieken achter de totstandkoming van een Europees sportbeleid • BOF-mandaat: Annelore Ost • oktober 2009 - september 2013.
• De Europese publieke sfeer vanuit top-down benadering: het spanningsveld tussen intenties en praktijk van het communicatiebeleid van de EU • BOF-mandaat: Annelies Van Brussel • oktober 2010 - september 2014. 
• A global social Europe? The position and impact of 'the' European Union in the International Labour Organization • FWO-mandaat: Bregt Saenen • oktober 2010 - september 2014.
• … in the name of human rights…. The Problematics of EU Ethical Foreign policy in Sub Saharan Africa and Elsewhere • AAP: Olivia Rutazibwa • oktober 2008 - september 2010.
• The EU as an actor of state-building in Kosovo • Basileus - project: Labinot Greiçevci
• At the crossroads of two agendas: Exploring on the compatibility of the EU mission with Kosovo's sociological reality • Basileus - project: Vjosa Musliu
• The integration from the Western Balkan in the EU: stability in the region • Bekim Collaku
• Is EU Conditionality Working? Migration in the Pre-Accession Strategies of the European Union, with special reference to EU – Albania Relations • Sokol Dedja.
• To what extent do the EU its member states depend on the imports of natural gas from Russia? • Mustafa Atala
• Regional integration and the perception of the EU in Asia • David Hoeflaak
• The EU relations with the eastern neighbourhood • Victoriya Khasson

Afgeronde onderzoeksprojecten

• De trends in het Europese milieubeleid en opportuniteiten voor Vlaanderen met het oog op het Belgische voorzitterschap van de E.U. in 2001 • project voor de Vlaamse Overheid (AMINAL), promotor: prof. dr. Hendrik Vos • december 1999 – december 2000.
• Het Europese besluitvormingsproces in geregionaliseerde staten. Een vergelijkende studie en gevolgtrekkingen voor het federale België • FWO-project, promotoren: prof. dr. Rik Coolsaet en prof. dr. Hendrik Vos • januari 2000 – december 2002.
• Voorbereiding colloquium over de functies van constitutionele regio’s • project voor de Vlaamse Overheid (Administratie Buitenlands Beleid), promotor: prof. dr. Hendrik Vos • september 2000 – januari 2001.
• Coördinatie van niet-economische waarden op het gebied van milieu-, ontwikkelings- en arbeidsstandaards met het WTO-systeem • BOF-mandaat: Elisabeth Dezutter, promotor: prof. dr. Hendrik Vos • oktober 2000 – september 2004.
• De transportagenda tijdens het Belgische Voorzitterschap van de EU in 2001 • project voor de Vlaamse Overheid (LIN), promotor: prof. dr. Hendrik Vos • december 2000 – mei 2001.
• Rio +10 en de kwestie van mondiaal milieubeheer • project voor de Vlaamse Overheid (AMINAL), promotor: prof. dr. Hendrik Vos • januari 2001 – december 2001.
• Verbetering van het huidige instrumentarium voor de beheersing van gewestgrensoverschrijdende leefmilieuconflicten op het terrein • project voor de Vlaamse Overheid (AMINAL), promotoren: prof. dr. Hendrik Vos en prof. dr. Carl Devos • maart 2001 – augustus 2001.
• Het EU-voorzitterschap: de huidige betekenis (opportuniteiten, beperkingen, functies) • BOF-project, promotor: prof. dr. Hendrik Vos • augustus 2001 – augustus 2005.
• Politiek-wetenschappelijke analyse van het externe beleid van de E.U. in het kader van de zogenaamde eerste pijler • FWO-mandaat: Jan Orbie, promotor: prof. dr. Hendrik Vos • oktober 2001 – september 2005.
• Voorbereiding Vlaamse overheid op IGC 2004 • project voor de Vlaamse Overheid (Administratie Buitenlands Beleid), promotoren: prof. dr. Koen Lenaerts, prof. dr. Frank Delmartino, prof. dr. Inge Govaere en prof. dr. Hendrik Vos • december 2001 – april 2003.
• Onderzoek naar de Vlaamse participatie aan het supra- en internationaal milieugebeuren • project voor de Vlaamse Overheid (AMINAL), promotor: prof. dr. Hendrik Vos • maart 2003 – februari 2005.
• E-government: de impact van Europa op Vlaamse e-government- initiatieven • IBBT-project • november 2004 – januari 2006.
• Polen en de Europese Unie: de europeanisering van de policy, politics en policies. Een politiek-wetenschappelijke analyse van het toetredingsproces van Polen tot de Europese Unie • FWO-mandaat: An Schrijvers, promotor: Prof. dr. Hendrik Vos • oktober 2003 - september 2007.
• The Role of the Civil Society in the EU Member States and Candidate Countries: Where does Turkey Stand in the General Picture? • Europese Commissie (Marie Curie-actie): Levent Kirval • maart 2006 – maart 2008.
• De EU in de VN, case humanitaire hulp • BOF-mandaat: Helen Versluys • oktober 2004 – september 2008.
• De Europeanisering van Centraal-en Oost-Europa (casus Polen) na de toetreding (2004-2010): een illustratie van de Europese Unie als civiele macht? • BOF-postdoctoraal mandaat: Dr. An Schrijvers • oktober 2007-september 2010.
• Europees ontwikkelingsbeleid en gender • BOF - mandaat: Petra Debusscher • oktober 2006 - september 2010.
• The influence of the European Union on democratic consolidation in Central Europe: the Czech and Slovak republic compared • FWO-mandaat: Eline De Ridder • oktober 2005 – september 2010.
• The Dynamics behind the Policy of Regional Cooperation in the South Caucasus • BOF-mandaat: Syuzanna Vasilyan • oktober 2006 - september 2010.
• Integratie van milieuoverwegingen in de besluitvorming van de Europese instellingen in andere beleidssectoren • AAP: Liesbeth Taverniers • oktober 2003 – september 2010.
• De rol van de Europese Unie in internationale milieupolitiek • AAP: Edith Vandenbrande • oktober 2005 – september 2011.
• De Europese Unie en de informatiekloof - een politiek-wetenschappelijke analyse van de werking van Directoraat-Generaal Communicatie bij de Europese Commissie • BOF-mandaat: Petra Huyst • oktober 2007- september 2011.
• Padafhankelijkheid of discontinuïteit? Een politicologisch-historisch onderzoek naar de determinanten van Europa’s handelspolitiek tegenover ontwikkelingslanden sinds 1970 • BOF-mandaat: Lotte Drieghe • september 2007 - september 2011.
• Rol van Vlaanderen in de internationale handelspolitiek • Ferdi De Ville • september 2007- september 2011.