Tom Paridaens leverde belangrijke bijdrage aan MPEG-G

(12-12-2018) Het doctoraatswerk van Tom Paridaens, voormalig onderzoeker bij de ELIS onderzoeksgroep IDLab, maakt het wetenschappers gemakkelijker om met DNA sequenties aan de slag te gaan.

Genomica-onderzoek, bijvoorbeeld voor het zoeken naar de oorzaak en het verloop van ziekten zoals kanker, het onderzoeken van de werking en bijwerkingen van nieuwe medicijnen, was vroeger zeer duur en tijdrovend.  Dat kwam omdat er niet alleen naar individuele genen gekeken wordt, maar ook naar de onderlinge samenhang waardoor een hele grote hoeveelheid data moet geanalyseerd worden.  In de voorbije decennia is er een enorme vooruitgang geboekt bij de technologieën die gebruikt worden voor DNA sequencing. De kost voor het sequencen van het menselijk genoom is gezakt van meer dan 10 miljoen dollar in 2007 naar minder dan 1000 dollar nu. Terzelfdertijd is de tijd die nodig is om een menselijk genoom te sequencen gezakt van enkele jaren naar uren.  

Als gevolg van deze evoluties stijgt de hoeveelheid gegenereerde gegevens exponentieel.  In zijn doctoraatsthesis beschreef Tom verschillende oplossingen voor het effectief opslaan van deze data. De data die moet gedownload, gedecomprimeerd en geanalyseerd worden, kan verminderd worden tot een kwart van de inspanning door de gegevens ook volgens locatie en exacte betekenis in te delen. Waardoor naast compressie-effectiviteit ook de nadruk wordt gelegd op bruikbaarheid en functionaliteit.

Zijn onderzoek lag mee aan de basis van de MPEG-G standaard voor de representatie, compressie en het beheer van genomische data, ontwikkeld door MPEG (Moving Picture Experts Groep).

Tom bracht dit najaar in de Verenigde Staten een bezoek aan het Carl R. Woese Institute for Genomic Biology Research om verder te werken aan een  open-source MPEG-G encoder, identificatie en ontwerp van toepassingen voor MPEG-G, en het verder ontwikkelen van de MPEG-G standaard.