Korte beschrijving

Metaproteogenomics is een onderzoeksdiscipline die de laatste jaren meer en meer naar de voorgrond treedt. Binnen deze discipline zullen onderzoekers typisch eerst een metagenomics onderzoek uitvoeren waarbij men het DNA van een groep organismen gaat onderzoeken en men wil bepalen welke organismen er precies aanwezig zijn in een ecosysteem. In een volgende stap, gaat men deze taxonomische informatie gebruiken om een metaproteomics onderzoek te verfijnen om zowel de taxonomische als functionele resolutie van een dergelijke analyse te verhogen. In mijn PhD-thesis beschrijf ik hoe ik de Unipept Desktop applicatie heb ontwikkeld en hoe deze tegemoet komt aan de noden van onderzoekers binnen het “metaproteogenomics”-veld. Unipept is een ecosysteem van tools dat initieel ontwikkeld werd voor de analyse van eiwitstalen (metaproteomics). Naast ondersteuning voor de analyse van metaproteogenomics-stalen, zorgt de nieuwe Unipept Desktop app er ook voor dat grotere eiwitstalen verwerkt kunnen worden, dat deze zowel met elkaar vergeleken als met zichzelf vergeleken kunnen worden en dat gevoelige medische data niet langer over het internet verstuurd moet worden. Ik beschrijf een aantal innovatieve technieken die het mogelijk maken om zoveel mogelijk programmacode te delen tussen de bestaande Unipept-tools en de nieuwe desktop app, hoe ik ervoor gezorgd heb dat deze een grote hoeveelheid data efficiënt lokaal kan verwerken en bevragen en welke implicaties dat heeft op de metaproteomics-onderzoeksdiscipline in de toekomst.