Advanced Molecular Dynamics Simulation Techniques for Kinetic Analysis of Biological Systems
- Promovendus/a
- Vervust, Wouter
- Faculteit
- Faculteit Ingenieurswetenschappen en Architectuur
- Vakgroep
- Vakgroep Elektronica en Informatiesystemen
- Curriculum
- Master of Engineering Physics, Universiteit Gent, 2020
- Academische graad
- Doctor in de ingenieurswetenschappen: toegepaste natuurkunde
- Taal proefschrift
- Engels
- Vertaling titel
- Geavanceerde simulatietechnieken met behulp van moleculaire dynamica voor de kinetische analyse van biologische systemen
- Promotor(en)
- prof. An Ghysels, vakgroep Elektronica en Informatiesystemen
- Examencommissie
- voorzitter prof. Gert De Cooman (voormalig onderwijsdirecteur) - prof. Titus van Erp (Norwegian University of Science and Technology, Noorwegen) - prof. Paul Van Liedekerke (vakgroep Data-analyse en wiskundige modellering) - prof. Louis Vanduyfhuys (vakgroep Toegepaste Fysica) - prof. Jocelyne Vreede (Universiteit van Amsterdam, Nederland) - promotor prof. An Ghysels (vakgroep Elektronica en Informatiesystemen)
Korte beschrijving
Dit proefschrift gaat over het verbeteren van simulatietechnieken die de kinetica van biologische processen op atomair niveau blootleggen, zoals het binden van medicijnen aan eiwitten, of het verplaatsen van zuurstofmoleculen door zenuwweefsel. Zonder gespecialiseerde methodes zijn moleculaire dynamica-simulaties niet snel genoeg om langzame biologische processen op een statistisch betrouwbare wijze te kwantificeren.
Om deze uitdagingen aan te pakken, draagt dit proefschrift bij tot verbeteringen en vernieuwingen van zogenaamde "pad-sampling" methoden, die beter in staat zijn om de complexe paden te simuleren die moleculen afleggen tijdens deze langzame processen. Het onderzoek past deze technieken ook toe om antwoorden te vinden op vragen zoals "hoe lang blijft een medicijnmolecule gebonden aan een eiwit?", of "hoe beweegt zuurstof door myelinescheden rond zenuwcellen"?.
Deze bevindingen zijn belangrijk omdat ze ons kunnen helpen om beter te begrijpen hoe medicijnen werken en hoe zuurstoftransport in ons zenuwstelsel verloopt, wat cruciaal kan zijn voor de ontwikkeling van nieuwe therapieën en medicijnen.
Praktisch
- Datum
- Dinsdag 24 september 2024, 17:00
- Locatie
- lokaal 0.8 – Together, Campus UZ Gent, ingang 37b, gebouw The Core, gelijkvloers, Corneel Heymanslaan 10, 9000 Gent
Meer info
- Contact
- doctoraat.ea@UGent.be