Investigating Protein Flexibility Using Molecular Dynamics Simulations of α-1 Acid Glycoprotein and Large-Scale Normal Mode Analysis of AlphaFold Models
- Promovendus/a
- Dixit, Bhawna
- Faculteit
- Faculteit Ingenieurswetenschappen en Architectuur
- Vakgroep
- Vakgroep Elektronica en Informatiesystemen
- Gezamenlijk doctoraat
- Vrije Universiteit Brussel
- Curriculum
- Master of Science (Bioinformatics), Jamia Millia Islamia (India), 2018
- Academische graad
- Doctor in de ingenieurswetenschappen: biomedische ingenieurstechnieken (UGent) & Doctor in de bio-ingenieurswetenschappen (Vrije Universiteit Brussel)
- Taal proefschrift
- Engels
- Vertaling titel
- Onderzoek naar de flexibiliteit van eiwitten met behulp van moleculaire-dynamicasimulaties van α-1-acid-glycoproteïne en grootschalige normale-modes-analyse van AlphaFold-modellen
- Promotor(en)
- prof. An Ghysels, vakgroep Elektronica en Informatiesystemen - prof. Wim Vranken, Vrije Universiteit Brussel
- Examencommissie
- voorzitter prof. Joris Degroote (ondervoorzitter Facultaire Doctoraatscommissie) - prof. Karine Breckpot, Vrije Universiteit Brussel - prof. Janez Konc, National Institute of Chemistry, Slovenië - prof. Dominique Maes, Vrije Universiteit Brussel - prof. Kathleen Marchal, vakgroep Plantenbiotechnologie en Bio-informatica & vakgroep Informatietechnologie - prof. Savvas Savvides, vakgroep Biochemie en Microbiologie - prof. Vera Van Noort, KU Leuven - promotor prof. An Ghysels, vakgroep Elektronica en Informatiesystemen - promotor prof. Wim Vranken, Vrije Universiteit Brussel
Korte beschrijving
Eiwitten zijn van nature dynamisch en vertonen conformationele flexibiliteit die essentieel is voor hun biologische functies. Deze flexibiliteit varieert van complete structurele wanorde tot meer gelimiteerde structurele veranderingen in eiwitfragmenten, waarbij diverse conformationele toestanden mogelijk zijn. Dit dynamisch gedrag wordt aangedreven door thermische beweging van atomen. Ondanks deze intrinsieke flexibiliteit worden eiwitten vaak weergegeven door statische modellen, die de werkelijke dynamiek niet vastleggen. Dit proefschrift onderzoekt de flexibiliteit van eiwitten met twee complementaire benaderingen: een "close-up"-perspectief en een "panoramisch" perspectief. Het close-up-perspectief richt zich op het α-1-zuurglycoproteïne (AGP) en zijn mutanten. Door middel van moleculaire dynamicasimulaties (MD) wordt onderzocht hoe mutaties en glycosylering de conformationele dynamiek en flexibiliteit van AGP beïnvloeden en hoe dit verband houdt met zijn AGP’s bij kanker. Het panoramische perspectief bekijkt een uitgebreide set van eiwitten en combineert computationele en experimentele methoden, waaronder AlphaFold2’s pLDDT-scores, NMR-gegevens, MD-simulaties en Normal Mode Analysis (NMA), om de relatie tussen computationele voorspellingen en experimenteel waargenomen eiwitflexibiliteit te onderzoeken. Deze benaderingen bieden een diepgaand inzicht in eiwitflexibiliteit en verbeteren ons begrip van het biofysische gedrag van eiwitten, met name in de context van glycosylering. De resultaten dragen bij aan het integreren van eiwitdynamiek in eiwitstructuurvoorspellingen.
Praktisch
- Datum
- Dinsdag 25 februari 2025, 14:30
- Locatie
- Auditorium P Jozef Plateau, Plateaustraat 22, 9000 Gent
- Livestream
- Volg online
Meer info
- Contact
- doctoraat.ea@UGent.be