Doctoraatsbursaal

Functieomschrijving

Je wordt ingeschakeld in een multidisciplinair team dat zich richt op kankeronderzoek door middel van DNA-methylatieprofiling. Meer specifiek onderzoekt ons team circulerend DNA in het bloed, afkomstig van tumorcellen. Dit circulerende tumor-DNA kan worden gebruikt voor een specifieke diagnose van bepaalde kankertypes, zonder dat een weefselbiopsie of chirurgische ingreep nodig is. In de literatuur wordt een bloedstaal voor deze analyse een liquid biopsy genoemd.

De analyse van deze liquid biopsies is gebaseerd op Next-Generation Sequencing (NGS) van circulerend tumor-DNA. De komende jaren zal ons onderzoek zich vooral focussen op methylatieprofiling van circulerend tumor-DNA. Hiervoor wordt de innovatieve techniek cell-free Reduced Representation Bisulfite Sequencing (cfRRBS) gebruikt, ontwikkeld in het VIB-UGent Center for Medical Biotechnology door het team van prof. Nico Callewaert. Deze techniek maakt het mogelijk om op een efficiënte en kosteneffectieve manier sterk gefragmenteerd DNA te analyseren, zoals circulerend tumor-DNA. Het is bekend dat methylatieprofielen sterk weefsel- en tumorspecifiek zijn en dat methylatieprofiling ook voor de analyse van circulerend tumor-DNA veelbelovend is.

Wij onderzoeken met name het potentieel van liquid biopsies voor de diagnose en differentiële diagnose van lymfomen. Ons ultieme doel is het ontwikkelen van een specifieke bloedtest die een weefselbiopsie overbodig maakt, maar toch de optimale behandeling voor een patiënt kan bepalen. Daarnaast moet deze test ook geschikt zijn voor de vroegtijdige detectie van herval.

NGS-technieken genereren een grote hoeveelheid data. Jouw taak binnen dit team richt zich op het uitvoeren en ontwikkelen van bio-informatica- en statistische tools voor de analyse van de verkregen ruwe data.

Hoewel het project een sterke focus heeft op lymfomen, worden de mogelijkheden van liquid biopsies ook voor andere tumorentiteiten onderzocht.

Dit project is een samenwerking tussen het Laboratorium voor Kankerdiagnostiek en Pathologie (Dienst Pathologische Anatomie), het Centrum voor Medische Genetica Gent (prof. Björn Menten), de Dienst Hematologie UZ Gent en de Dienst Hematologie AZ Delta (Roeselare). Voor de toepassing van de cfRRBS-techniek is er een nauwe samenwerking met de VIB-labs van prof. Nico Callewaert en prof. Katleen De Preter. Hiervoor is financiering verkregen via een Geconcerteerde Onderzoeksactie (GOA) van UGent.

Het prospectief verzamelen van bloedstalen van kankerpatiënten is gestart in 2016. Hierdoor beschikken we over een uitgebreide biobank met liquid biopsies van meer dan 600 patiënten met een lymfoom. Sequencingdata voor methylatieprofiling zijn reeds beschikbaar voor 270 patiënten met een Hodgkin- of non-Hodgkin-lymfoom. Er is al een eerste versie van een classifier ontwikkeld die betrouwbaar onderscheid kan maken tussen controles en patiënten met een lymfoom, en tussen patiënten met een Hodgkin- en non-Hodgkin-lymfoom. In de komende weken zal het methylatieprofiel van de resterende plasmastalen van lymfoompatiënten in onze biobank worden bepaald om deze veelbelovende data verder te valideren.

Gezien de grote hoeveelheid reeds beschikbare data, is dit doctoraat bijzonder geschikt voor een gedreven bio-informaticus of PhD-student met interesse in bio-informatica, die snel vooruitgang wil boeken als wetenschapper en op korte termijn wil promoveren.

Functieprofiel

• Je hebt een masterdiploma (Bio-informatica, Bio-ingenieurswetenschappen, Biochemie en Biotechnologie of een gelijkwaardig diploma) of behaalt dit in juni 2025. 
• Je ambieert een doctoraat binnen de biomedische wetenschappen.
• Je hebt kennis van courante programmeertalen binnen de bio-informatica, zoals R en Python, en je hebt ervaring met shell scripting in Unix/Linux-gebaseerde systemen.
• Je beheerst zowel het Nederlands als het Engels goed, zowel schriftelijk als mondeling.
• Je hebt ervaring met bio-informatica-toepassingen, in het bijzonder met genomics-data-analyse.
• Je hebt een natuurlijke interesse in uitdagend wetenschappelijk onderzoek.
• Je bent geïnteresseerd in kankerbiologie en moleculair-biologische technieken. Samen met het team probeer je inzicht te krijgen in de genetische afwijkingen bij tumoren die belangrijk zijn voor de ontwikkeling van diagnostische en prognostische testen, toegepast op circulerend tumor-DNA.
• Je kan zowel zelfstandig werken als goed samenwerken in een team.
• Je bent stressbestendig en flexibel ingesteld.
• Je hebt sterke organisatorische vaardigheden.
• Je beschikt over uitstekende communicatieve vaardigheden, zowel met interne als externe contactpersonen.
• Je bent leergierig en bereid je verder te ontwikkelen, zowel binnen je eigen vakgebied als in verwante disciplines.

ONS AANBOD

• Wij bieden een voltijdse positie als doctoraatsbursaal bestaande uit een initiële periode van 12 maanden - die na positieve evaluatie, verlengd wordt naar een periode van in totaal maximum 48 maanden.
• De uiterste datum voor indiensttreding is 1 augustus 2025, maar een eerdere start is mogelijk.
• Het beursbedrag bedraagt 100% van het nettosalaris van een AAP-lid in gelijke gezinsomstandigheden. Het individuele beursbedrag wordt door team Personeelsadministratie bepaald op basis van gezinstoestand en anciënniteit. Het beursbedrag is een niet-belastbare studiebeurs. Meer informatie over onze salarisschalen
• Verder kan elk UGent-personeelslid rekenen op een aantal voordelen, zoals een breed opleidings- en vormingsaanbod, 36 dagen vakantieverlof aangevuld met jaarlijks vastgelegde brugdagen, een fietsvergoeding, ecocheques enz. Een volledig overzicht van onze personeelsvoordelen.

Solliciteren

Indien je geïnteresseerd bent, stuur dan zo snel mogelijk je C.V., je studieresultaten, een motivatiebrief, en contactgegevens van 2 personen die je een referentie willen geven naar jo.vandorpe@uzgent.be en bjorn.menten@ugent.be.

Voor meer informatie, contacteer gerust:
Prof. dr. Jo Van Dorpe
Diensthoofd Laboratorium voor Kankerdiagnostiek en Pathologie (Dienst Pathologische Anatomie)
jo.vandorpe@uzgent.be
Tel.: 09/332 51 38

Prof. dr. ir. Björn Menten
Center for Medical Genetics Ghent
Department of Biomolecular Medicine
bjorn.menten@ugent.be
Tel.: 09/332 52 84