Functieomschrijving

Het Laboratorium voor Integratieve Metabolomics (LIMET) van de vakgroep Translationele Fysiologie, Infectiologie en Volksgezondheid (DI04) aan UGent hebben een voltijdse betrekking (1+3 jaar) vacant voor een doctoraatsstudent. De aanwerving kadert binnen lopende onderzoeksprojecten in het gebied van de computationele metabolomics met finaliteit naar voeding en humane gezondheid.
Het doel van metabolomics bestaat in het detecteren, identificeren en (semi-)kwantificeren van alle metabolieten in een biologisch systeem (analoog aan o.a. genomics, transcriptomics, proteomics, …). LIMET maakt hiervoor o.a. gebruik van vloeistofchromatografie gekoppeld aan massaspectrometrie. Deze technieken generen grote hoeveelheden hoogdimensionele data. Er is namelijk nood aan reproduceerbare en statistisch significante data om inzicht te krijgen in complexe biologische vraagstukken. Deze data dient te worden verwerkt (d.w.z. het omzetten van ruwe data naar data die geanalyseerd kan worden), geannoteerd (d.w.z. het toekennen van de juiste identiteit aan de mogelijke metabolieten), gemodelleerd en geïnterpreteerd. Het onderzoeksveld van computationele metabolomics brengt bio-informatici, computerwetenschappers, chemici, ingenieurs, biologen, enz. samen om oplossingen te zoeken voor de verwerking en analyse van deze steeds groter wordende hoeveelheid data. Bij LIMET lopen verschillende onderzoeksprojecten in uiteenlopende biologische contexten en krijg je als bio-informaticus de kans om te werken met een grote verscheidenheid aan datasets en onderzoeksvragen.

Jouw praktische onderzoeksopdracht bestaat uit wetenschappelijk onderzoek verrichten in het kader van bovenstaand onderzoek ter voorbereiding van een doctoraat; dit houdt in:

• Het onderzoeken en ontwikkelen van nieuwe tools ter verwerking van metabolomics data
• Het onderzoeken en ontwikkelen van tools voor datamanagement en toegankelijk maken van data voor verwerking en analyse (SQL of andere database tools)
• Het onderzoeken en ontwikkelen van tools voor annotatie (identificatie) van metabolieten
• Statistische analyse van verzamelde gegevens: van simpele vergelijkingstoetsen tot geavanceerde statische modellen en machine learning algoritmen, toegepast op metabolomics, maar ook in combinatie met klinische data en andere ‘omics
• Uitschrijven van onderzoeksresultaten in hoogstaande wetenschappelijke tijdschriften
• Presenteren van je onderzoek op nationale en internationale congressen

Functieprofiel

• Je bezit tegen 15 september 2023 een diploma van Master in de Bio-ingenieurswetenschappen, Bio-informatica, Statistische Data Analyse, Wiskunde, Computerwetenschappen, of een gelijkaardige opleiding.
• Je bent sterk gemotiveerd om hoogstaand wetenschappelijk onderzoek te verrichten dat leidt tot een doctoraat.
• Je functioneert goed in een (internationaal) team maar kan ook zelfstandig werken en plannen.
• Je hebt levendige interesse in metabolomics, massaspectrometrie en biomedisch onderzoek, een analytische ingesteldheid en een uitstekende statistische kennis.
• Je spreekt en schrijft vlot wetenschappelijk Engels.
• Je kan vloeiend programmeren in minimum 1 programmeertaal (R, python, …) en je bent bereid om deze kennis uit te breiden naar gelang de noden binnen het onderzoek.
• Je hebt een basiskennis van (analytische) chemie en biologie en een algemene interesse in levenswetenschappen. Je bent bereid om deze kennis uit te breiden waar nodig.

Solliciteren

De kandidaturen, met motivatiebrief en uitgebreid Curriculum Vitae (inclusief studieresultaten en een afschrift van het vereiste diploma), dienen ingediend te worden t.a.v. Prof. Lynn Vanhaecke (limet@ugent.be) voor 31 augustus 2023 18u. Meer informatie over de vacature kan bekomen worden bij via bovenstaande emailadressen of via telefoon (09/2647457). Na een voorselectie op basis van het CV zullen de geselecteerde kandidaten uitgenodigd worden voor een sollicitatiegesprek. Voltijds contract met aanvang bij voorkeur op 1 oktober 2023 (te bespreken).