Interview - De masteropleding Bio-informatica: iets voor jouw leerlingen?

prof. Tim De Meyer
prof. Tim De Meyer
We gingen langs bij prof. Tim De Meyer van de Faculteit Bio-ingenieurswetenschappen (Vakgroep Data-analyse en wiskundige modellering), en stelden hem enkele vragen over de masteropleiding Bio-informatica.

Prof. De Meyer voert o.a. onderzoek uit naar de oorzaken van veroudering. “Om alle DNA van cellen in kaart te brengen en zo naar fouten in die cellen te zoeken, heb je een methodologie nodig. Bio-informatica geeft ons deze methodologie.”

 

 

 

Welke richting kiest een leerling na het secundair onderwijs het best om later de master Bio-informatica te kunnen volgen?

Prof. De Meyer: “Als toekomstig bio-informaticus moet je zowel kennis hebben van (moleculaire) biologische als van statistische principes. Je moet ook tot een bepaald niveau kunnen programmeren  en een probleem kwantitatief durven te benaderen. Naar toepassingen toe is er de link met o.a. planten- en microbiële biotechnologie, geneeskunde en farmacie. Bio-informatica loopt dan ook door alle faculteiten van de bèta- en gammawetenschappen.

In onze masteropleiding kunnen studenten vanuit vier bacheloropleidingen rechtstreeks instromen: Bio-ingenieurswetenschappen, Biochemie & biotechnologie, Informatica en Ingenieurswetenschappen: computerwetenschappen. Wie dan bijvoorbeeld een bachelor Biochemie & biotechnologie op zak heeft, kent veel van biologie, maar minder van de wiskunde die nodig is. Die studenten moeten hun statistiek en wiskunde dus bijwerken. Omgekeerd moeten de studenten Bio-ingenieurswetenschappen hun moleculaire biologie bijwerken. Studenten uit de bachelor Informatica en Ingenieurswetenschappen: computerwetenschappen hebben nog een ander profiel: zij zullen vooral de methodes die we gaan gebruiken ontwikkelen en optimaliseren. Computerwetenschappers ontwikkelen perfect die algoritmes, maar moeten uiteraard weer bijleren op vlak van biologie. We gaan er geen biologen van maken, het blijven computerwetenschappers, maar ze moeten wel de taal van de bioloog leren verstaan om een bio-informaticaprobleem te kunnen oplossen. 

Ongeacht je profiel, moet je als bio-informaticus leren om creatief tot oplossingen te komen. Bio-informatica gaat dus zeker niet enkel om programmeren en het maken van softwaretoepassingen maar wel om het ontrafelen van de fundamentele principes van de biologie aan de hand van grote hoeveelheden moleculaire data. Dat vereist de capaciteit om vanuit een degelijke biologische kennis relevante vraagstellingen te formuleren die aan de hand van data kunnen worden opgelost én het ontwerpen van nieuwe wiskundige ingenieurstechnieken om tot een oplossing te komen. Als interdisciplinair domein is de master Bio-informatica ook toegankelijk vanuit andere bacheloropleidingen, mits je een voorbereidingsprogramma of de juiste keuzevakken volgt. Er bestaan altijd oplossingen.

 

“Veel mensen denken bij bio-informatica enkel aan ‘achter de computer zitten’. Dat is een groot misverstand. Bio-informatica staat niet gelijk aan informatica. De computer is een middel. We proberen complexe biologische vragen te beantwoorden via data-analyse. Hierbij gebruiken we de computer om onze ideeën toe te passen, om die enorme hoeveelheden data te verwerken.”
 Als bio-informaticus moet je dus vooral durven na te denken en creatief zijn?

Prof. De Meyer: “Je moet zin hebben om iets te creëren. Het is een uitdagende studie. Je komt met veel nieuwe zaken in aanraking die buiten je comfortzone liggen. Je moet logisch en conceptueel kunnen nadenken over biologische problemen zonder je te verliezen in biologische of technische details. Dat vergt een specifieke ingesteldheid. Studenten zijn gewoon oefeningen op te lossen volgens een aangeleerde methode. In de bio-informatica is het anders: je vertrekt van een probleem en er zijn misschien tien mogelijke manieren om het op te lossen. Je moet de beste combinatie zoeken, je afvragen ‘Hoe gaan we dit aanpakken, specifiek voor deze data? Kan ik door het helemaal anders aan te pakken, bepaalde problemen vermijden?’. Je moet dus creatief nadenken. Vaak zijn er meerdere goede oplossingen, maar meestal is slechts één de beste. Soms moet je ook kiezen voor de meest realistische oplossing, al is dat dan misschien niet de beste. Een oplossing moet bijvoorbeeld ook financieel en computertechnisch haalbaar zijn. Dit probleemoplossend denken maakt bio-informatica zeer uitdagend. Studenten moeten zich deze denkwijze eigen maken en gaandeweg de juiste ingesteldheid ontwikkelen. Dit is trouwens eigen aan elk snel evoluerend interdiscipliniar domein. Zodra studenten deze manier van denken gewoon zijn, kunnen ze dit ook gaan toepassen op andere terreinen of werkdomeinen.”

 

De masteropleiding is drie jaar geleden ontstaan. Kun je dit even schetsen?

Prof. De Meyer: “Met de opkomst van de big data in moleculaire biologie begin deze eeuw was het nodig dat onderzoekers expertise gingen ontwikkelen om deze data te kunnen analyseren, denk bijvoorbeeld aan de DNA-code van de mens, die uit 3 miljard letters bestaat. Er ontstond toen een plotse evolutie naar bio-informatica, on the job, en versnipperd over verschillende disciplines. Een tiental jaar geleden besliste de UGent om de bio-informatica te bundelen in één community en een master Bio-informatica op te richten. We kregen vijf jaar de tijd om alles op punt te stellen. Vanuit drie faculteiten (Wetenschappen, Bio-ingenieurswetenschappen en Ingenieurswetenschappen en Architectuur) ontwikkelden we een programma.

We realiseerden ons dat studenten in hun bacheloropleiding kiezen voor het domein dat hen het meest interesseert, zijnde ingenieur, bio-ingenieur, wiskundige, bioloog etc. Omdat bio-informatica een interdisciplinair domein is moeten studenten ook kennis hebben van vakdomeinen complementair aan die van hun bacheloropleiding. We hebben er bij het ontwerpen van de master dan ook voor geopteerd om studenten deze complementaire domeinkennis aan te bieden, maar tegelijk in grote mate de eigenheid van hun vooropleiding en primaire interesse te behouden.

Dit heeft geleid tot drie verschillende afstudeerrichtingen. Via de richting bioscience engineering krijg je bijvoorbeeld een bio-ingenieur die gespecialiseerd is in bio-informatica, via de richting engineering, een ingenieur met specialisatie in de bio-informatica en via de richting wetenschappen een wiskundige of biochemicus met specialisatie in de bio-informatica. Dit zorgt ervoor dat iedereen die afstudeert in onze master Bio-informatica een karakteristiek profiel heeft dat de eigenheid van zijn vooropleiding reflecteert.

 

Hoe is de verdeling van de studenten?

Prof. De Meyer: “Voorlopig stromen er vooral studenten met een bachelor Biochemie en biotechnologie en bachelors in de Bio-ingenieurswetenschappen in, en in mindere mate burgerlijk ingenieurs. Dit weerspiegelt de naambekendheid van het vakgebied bio-informatica in de verschillende disciplines eerder dan een verschil in intrinsieke interesse. Een bachelor Burgerlijk ingenieur heeft wellicht nog nooit van het domein bio-informatica gehoord. Een student Bio-ingenieur of Biochemie en biotechnologie is tijdens de bachelorjaren wel al in aanraking gekomen met het domein bio-informatica.

Over de twee masterjaren zitten nu 25 à 30 studenten verspreid. We staan dicht bij onze studenten, en ook tussen de studenten onderling is er een goede interactie. Zowel de docenten als de studenten zijn erg gedreven om van deze jonge masteropleiding een succesverhaal te maken. De eerste lading bio-informatici is nu trouwens aan het werk of aan het doctoreren.”

 

Vinden afgestudeerde bio-informatici gemakkelijk werk?

Prof. De Meyer: “Iedereen heeft werk gevonden, als bio-informaticus, of als big data analist al dan  niet in het bio-informaticadomein. Je studie-ervaring kun je immers ook op andere types data toepassen. Veel bedrijven zoeken mensen met een specifiek profiel om data te kunnen verwerken en beheren. Denk bijvoorbeeld aan beeldverwerking, satellietbeelden, bankdata etc. Ook in deze data moeten patronen ontdekt worden. Iemand moet er de ruis kunnen uithalen. Een bio-informaticus is dus ook een big data analist.”

 

In welke sectoren komen bio-informatici terecht?

Prof. De Meyer: “In om het even welk biotechnologisch bedrijf of de farmasector, uiteraard, en daarnaast ook in alle bedrijven buiten de biotechnologie die met big data omgaan. Ze vinden ook werk in niche bio-informaticabedrijven: die bieden een service naar andere bedrijven die nu en dan een bio-informaticus nodig hebben voor een bepaalde specialiteit. Bio-informatici vind je ook in bedrijven die bio-informaticasoftware ontwikkelen voor andere bedrijven, om bijvoorbeeld data makkelijker te beheren, zodat laboranten eenvoudiger met die data aan de slag kunnen, zonder dat alles – zelfs de simpelste vragen – via de bio-informaticus moet passeren. De bio-informaticus kan ook aan de overheid of in een ziekenhuis aan de slag. Binnenkort verwacht ik in de medische sector trouwens een boom aan praktische toepassingen, bv. in het kader van precision medicine. Onze opleiding begint zich nu ook daar op te richten.“

 

Hoe zou je toekomstige studenten Bio-informatica in enkele woorden omschrijven?
  • Nieuwsgierig. Terwijl je specifieke problemen oplost, stuit je soms op andere interessante zaken die je dan mee moet oppikken. Hiervoor is nieuwsgierig zijn cruciaal.
  • Kritisch. Je weet nooit welke methode de beste is voor een specifiek probleem, dus je moet altijd in detail naar de data kijken om te zien of alles correct is. Je gebruikt heel complexe wiskundige modellen, dus je moet goed controleren of alles klopt, of alles logisch is. Je mag niet snel tevreden zijn.
  • Analytische én creatieve benadering. Je benadert problemen op een logische, consistente manier en deelt die problemen op in subproblemen die je oplost. Hierbij moet je vaak creatief zijn om nieuwe subproblemen op te lossen, of een nieuwe algemene strategie te ontwikkelen.
  • Teamspeler. Als bio-informaticus moet je met verschillende mensen – IT’ers, laboranten, artsen – goed kunnen samenwerken en communiceren.

 

Dit interview maakt deel uit van de 'UGent-nieuwsbrief voor scholen' (juni 2018).  Bent u onderwijsprofessional en wil u op de hoogte blijven van alles wat er beweegt aan de UGent rond onderwijs en onderwijsonderzoek? Schrijf in voor de UGent-nieuwsbrief voor scholen en ontvang vier keer per jaar ons aanbod.