PhD Student

Uiterste inschrijvingsdatum
Feb 28, 2021 00:00
Vakgroep/directie/dienst
GE32 - Vakgroep Diagnostische Wetenschappen
Type contract
Contract van bepaalde duur
Diploma
Masterdiploma Bio-informatica, Bio-ingenieur, of Biochemie en Biotechnologie
Bezettingsgraad
100%
Vacature type
Overig academisch personeel

Functieomschrijving

Je wordt ingeschakeld in een multidisciplinair team dat zich concentreert op kankeronderonderzoek door middel van genomics en transcriptomics. Meer bepaald onderzoekt ons team circulerend DNA en RNA in het bloed, afkomstig van tumorcellen. Dit circulerende tumor-DNA kan gebruikt worden voor een specifieke diagnose van sommige kankertypes zonder de noodzaak een weefselbiopsie of een chirurgische ingreep uit te voeren. Het bloestaal wordt in de literatuur een liquid biopsy genoemd. De analyse van deze liquid biopsies is gebaseerd op Next Generation Sequencing (NGS) van circulerend tumor-DNA. Hierbij wordt gebruik gemaakt van shallow whole-genome sequencing (voor copy number variant-analyse) en/of targeted sequencing (voor detectie van puntmutaties en kleinere indels), maar ons onderzoek zal zich de komende jaren vooral focussen op methylatie-profiling van circulerend tumor-DNA. Hiervoor zal de erg innoverende techniek cfRRBS (cell-free Reduced Representation Bisulfite Sequencing) worden gebruikt, ontwikkeld in VIB-UGent Center for Medical Biotechnology van prof. Nico Callewaert. Deze techniek laat toe op een efficiënte en goedkope manier sterk gefragmenteerd DNA te onderzoeken, zoals circulerend tumor-DNA. Het is geweten dat methylatie-profielen erg weefsel- en tumor-specifiek zijn, maar het potentieel van deze techniek voor een specifieke diagnose gebaseerd op circulerend tumor-DNA is nog niet voldoende onderzocht. Wij onderzoeken vooral het potentieel van liquid biopsies voor de differentiële diagnose van lymfomen. Ons ultieme doel is het ontwikkelen van specifieke bloedtest die een weefselbiopsie overbodig maakt, die toch de optimale behandeling voor een patiënt kan bepalen, en die ook kan gebruikt worden voor de vroegtijdige detectie van herval. Bij NGS-technieken worden erg veel data geproduceerd.

Je taak in dit team focust zich op het uitvoeren en ontwikkelen van bio-informatica- en statistische tools voor de analyse van de bekomen ruwe data. Het project heeft een sterke focus op lymfomen, maar ook voor andere tumorentiteiten worden de mogelijkheden van liquid biopsies geëxploreerd.

Dit project is een samenwerking tussen het Laboratorium voor Kankerdiagnostiek en Pathologie (Dienst Pathologische Anatomie), het Centrum voor Medische Genetica Gent, de Dienst Hematologie UZ Gent, en de Dienst Hematologie AZ Delta (Roeselare). Voor het toepassen van de techniek van cfRRBS is er een nauwe samenwerking met het VIB-lab van prof. Nico Callewaert. Met het prospectief verzamelen van bloedstalen van kankerpatiënten werd reeds gestart in het voorjaar van 2016. Daardoor beschikken we reeds over een grote biobank aan liquid biopsies.

Functieprofiel

  • Je hebt reeds een masterdiploma (Bio-informatica, Bio-ingenieurswetenschappen, Biochemie en Biotechnologie, of een gelijkwaardig diploma) of zal dit behalen in juni 2021 (de uiterste datum voor indiensttreding is 1 augustus 2021, maar snellere indiensttreding is mogelijk).
  • Je ambitie is een doctoraat te behalen binnen de bio-medische wetenschappen.
  • Je hebt kennis van courant-gebruikte programmeertalen binnen de bio-informatica zoals R en Python en je hebt ervaring met shell scripting in unix/linux-gebaseerde systemen.
  • Je hebt een goede kennis van het Nederlands en het Engels, zowel geschreven als gesproken.
  •  Je hebt ervaring met bio-informatica-toepassingen en in het bijzonder met genomics data analyse (exoomanalyse, whole-genome sequencing, …).
  • Je hebt een natuurlijke interesse voor uitdagend wetenschappelijk onderzoek.
  • Je bent geïnteresseerd in kankerbiologie en in moleculair biologische technieken. Je probeert samen met het volledige team inzicht te krijgen in de genetische afwijkingen bij tumoren belangrijk voor de ontwikkeling van diagnostische en prognostische testen, toegepast op circulerend tumor-DNA (en -RNA).
  • Je kan zowel autonoom werken, als goed in een team samenwerken.
  • Je bent stressbestendig en flexibel ingesteld.
  • Je bent sterk organisatorisch aangelegd.
  • Je beschikt over uitstekende communicatieve vaardigheden, zowel met interne als externe contactpersonen.
  •  Je bent leergierig en bereid je verder te bekwamen, zowel in het eigen vakgebied als in verwante vakgebieden.

Solliciteren

Indien je geïnteresseerd bent, stuur dan zo snel mogelijk je C.V., je studieresultaten, een motivatiebrief, en contactgegevens van 2 personen die je een referentie willen geven naar jo.vandorpe@uzgent.be en bjorn.menten@ugent.be.

Voor meer informatie, contacteer gerust: Prof. dr. Jo Van Dorpe Diensthoofd Laboratorium voor Kankerdiagnostiek en Pathologie (Dienst Pathologische Anatomie) jo.vandorpe@uzgent.be Tel.: 09/332 51 38 Prof. dr. ir. Björn Menten Center for Medical Genetics Ghent Department of Biomolecular Medicine bjorn.menten@ugent.be Tel.: 09/332 52 84