PhD Student

Uiterste inschrijvingsdatum
Aug 31, 2022 00:00
Vakgroep/directie/dienst
LA21 - Vakgroep Plant en Gewas
Type contract
Contract van bepaalde duur
Diploma
MSc in de informatica, bio-ingenieurswetenschappen, bio-informatica, ingenieurswetenschappen, wiskunde of natuurkunde
Bezettingsgraad
100%
Vacature type
Overig academisch personeel

Functieomschrijving

PhD project: Kostefficiënte genoomwijde selectiestrategieën

Predictve Breeding is een jonge en ambitieuze onderzoeksgroep die zich toelegt op de ontwikkeling en toepassing van datagedreven plantenveredelingsmethodes. Dit is een zeer actief onderzoeksdomein waarin men de genetische vooruitgang van agronomisch belangrijke eigenschappen zoals opbrengst probeert te maximaliseren door de integratie van technologieën voor high-throughput fenotypering en genotypering. In deze optiek wordt de vooruitgang op het gebied van datagedreven veredeling beschouwd als een cruciale katalysator voor de realisatie van de Europese Green Deal ambities en de transitie naar een duurzaam agrofood systeem.

Jouw doctoraatsonderzoek is gecentreerd rond het concept van genoomwijde selectie waarbij men de agronomische prestaties van planten voorspelt via hun DNA code. Deze selectietechniek laat toe om routinematig duizenden planten te screenen zelfs nog voor ze uit het zaad gekomen zijn. Het is echter nog steeds een uitdaging om genoomwijde selectie kostefficiënt toe te passen waardoor goedkope genotyperings- en fenotyperingsstrategieën hard nodig zijn. In deze functie zal je geavanceerde algoritmes bedenken, evalueren en implementeren met als doel genoomwijde selectie zo efficiënt mogelijk te maken. Je zal hierbij kennis maken met de ontwikkeling en evaluatie van statistische en mathematische modellen, machine learning, numerieke optimalisatietechnieken, software ontwikkeling en simulaties. Deze functie is bijgevolg de ideale manier om je wiskundige en technische vaardigheden te demonstreren en verder te ontwikkelen.

Functieprofiel

• Je beschikt (of zal binnenkort beschikken) over een diploma MSc in de informatica, bio-ingenieurswetenschappen, bio-informatica, ingenieurswetenschappen, wiskunde of natuurkunde.

• Je hebt sterke analytische vaardigheden en je staat te popelen om de state-of-the-art te overtreffen

• Je hebt een uitgesproken interesse in het ontwerpen en implementeren van algoritmen en voorspellingsmethoden/modellen

• Je hebt ervaring in één of meerdere programmeertalen (R, Python, C++, …) en bent bereid om je andere talen en omgevingen (vb. Linux) eigen te maken

• Je bent een teamspeler en beschikt over sterke communicatieve vaardigheden.

• Je spreekt en schrijft vloeiend Engels. Kennis van het Nederlands wordt als een pluspunt beschouwd.

Je bereidt een proefschrift voor in een periode van ongeveer 4 jaar. Je publiceert en presenteert jouw onderzoeksresultaten zowel op internationale conferenties als in wetenschappelijke tijdschriften.
Deze PhD positie is onmiddellijk beschikbaar en staat open totdat de vacature is ingevuld. De vacature staat niet open voor postdocs.

Solliciteren

Stuur je kandidatuur of vragen gerelateerd aan deze vacature rechtstreeks naar prof. Steven Maenhout (Steven.Maenhout@UGent.be) met vermelding van “sollicitatie kostefficiënte genoomwijde selectiestrategieën” in de titel. Voeg de volgende drie documenten toe aan je e-mail:

1. cv
2. persoonlijke motivatiebrief
3. studieresultaten