Digitale PCR-experts aan de Universiteit Gent werken samen met Stilla Technologies

(20-05-2019) Gerenommeerde digitale PCR-experts aan de Universiteit Gent werken samen met Stilla Technologies om de grenzen van Crystal ™ dPCR uit te breiden met behulp van het Naica ™ -systeem.

De Universiteit Gent heeft een samenwerkingsovereenkomst getekend met Stilla Technologies. Het Naica-systeem van Stilla, een dPCR-uitrusting, biedt multiplexen om meerdere doelgenen in een enkele test met hoge precisie en nauwkeurigheid te detecteren. In dit samenwerkingsproject zullen de twee partijen de komende drie jaar de handen ineenslaan om tal van mogelijkheden te bieden voor training, onderzoek en onderzoek naar nieuwe toepassingen van dPCR voor onderzoekers over de hele wereld.

Digitale PCR (dPCR) is een nieuwe methode voor nauwkeurige kwantificering van nucleïnezuren. Deze samenwerking zou de dPCR-gebruikers wereldwijd ten goede komen in de vorm van praktijkgerichte trainingen, webinars en seminars naast de bestaande cursussen over dPCR die aan de Universiteit Gent worden aangeboden. Het belangrijkste is dat dit partnerschap zal leiden tot optimalisatie en validatie van op Naica gebaseerde tests tot een breed scala aan experimenten en een platform biedt voor geïnteresseerde gebruikers om hun monsters op het Naica-systeem te valideren met de hulp van het UGent-team van dPCR-experts.

Een team van eminente multidisciplinaire onderzoekers aan de Universiteit Gent (prof. Ward De Spiegelaere, prof. Jo Vandesompele, prof. Linos Vandekerckhove, prof. Olivier Thas en dr. Wim Trypsteen) is van plan een breed scala aan onderzoeksvragen te onderzoeken, waaronder het vergroten van de multiplexing capaciteit van het systeem, verbetering van de efficiëntie van de meting van reverse-transcriptie met behulp van verschillende kits beschikbaar in de markt, en de ontwikkeling van een gegevensstandaard voor dPCR bij vele andere onderzoeksstudies.

Prof. Ward De Spiegelaere: “Door deze samenwerking kunnen we onze gegevensanalysetools op het 3-kleuren digitale PCR-systeem valideren. Omdat het Naica-systeem ons in staat stelt om met de onbewerkte gegevens te werken, kunnen we onze pijplijnen voor gegevensanalyse verfijnen om de kwantitatieve nauwkeurigheid van digitale PCR-experimenten verder te verhogen.”

De momenteel beschikbare software, ddpcRquant, ontwikkeld aan de Universiteit Gent, voor dPCR zal worden bijgewerkt om data-analyse mogelijk te maken van de Naica systeemsoftware (Crystal ™ Miner) voor universeel aanpassingsvermogen in onderzoekslaboratoria. Het doel van deze samenwerking is om dPCR uiteindelijk op te nemen als standaard opstelling in onderzoekslaboratoria vanwege het gebruiksgemak en de brede waaier van toepassingen. Het Stilla Naica-systeem is sedert 2 mei 2019 operationeel aan de Universiteit Gent en biedt nieuwe mogelijkheden voor dPCR-gebruikers voor training, onderzoek en samenwerking.

dCPR aan UGent

Digital PCR @ Ghent University is een consortium van onderzoekslaboratoria die hun expertise uit biomedische wetenschappen en de statistiek combineren om de ontwikkeling en verspreiding van nieuwe toepassingen en methodologie voor dPCR-platforms te bevorderen. Ze werken op verschillende dPCR-platforms, waaronder de Bio-Rad QX100, Bio-Rad QX200 en Stilla Naica System. Momenteel werken onderzoekers van vier onderzoeksgroepen samen aan dPCR-projecten voor verschillende toepassingen zoals HIV, genetica, oncologie en statistiek.