Onderzoeksonderwerpen

Antimicrobiële resistentie en virulentie van opportunistische pathogenen

We gebruiken proteomics om bacteriële mechanismen van resistentie en persistentie tegen antimicrobiële behandeling te onderzoekn. Onze interesse gaat vooral uit naar de betrokkenheid van membraanblaasjes bij antibioticumresistenties en hun verspreiding. Ook zijn we betrokken bij onderzoek naar de structurele biologie van toxine/antitoxine complexen die instaan voor persistentie.

Door secretoom analyse bepalen we ook de waaier aan virulentiefactoren die pathogenen vrijstellen om gastheercellen te infecteren. Onze focus ligt op extracellulaire enzyme zoals proteasen en fosfolipasen die immunologische responseiwitten van de gastheercel afbreken. Soorten die we onderzoeken zijn pathogenen betrokken bij luchtweginfecties van patiënten met cystic fibrosis, en de plantpathogeen Streptomyces scabies.

Enzymen voor Groene Chemie

Enzymen zijn een excellent alternatief voor klassieke catalyse in chemische reacties. De ecologische voetafdruk van een enzymatische reactive is meestal veel lager door een verminderd verbruik van zuur of base, lagere reactietemperatuur en minder bijproducten. We ondersteunen industriële partners bij het selecteren en engineeren van enzymen voor initiële proof-of-concept studies naar haalbaarheidsstudies om enzymen in hun bestaande reactieschema's in te brengen. Hierbij focussen we op hydrolytische en redox actieve enzymen.

Proteomics platform en kwantitatieve metabolietanalyse

We behoren tot het Expertise centrum voor proteomics van Gent Universiteit (ProteoGent) en bieden diensten aan voor eiwitanalyse, kwantitatieve proteomics en identificatie van post-translationele modificaties. Vragen voor ondersteuning kunnen gestuurd worden aan proteogent@ugent.be.

Verder gebruiken we massa spectrometrie voor de identificatie en kwantificering van secundaire metabolieten van bacteriën en fungi.

Belangrijke publicaties

1. Devos S, Van Putte W, Vitse J, Van Driessche G, Stremersch S, Van Den Broek W, Raemdonck K, Braeckmans K, Stahlberg H, Kudryashev M, Savvides SN, Devreese B. Membrane vesicle secretion and prophage induction in multidrug-resistant Stenotrophomonas maltophilia in response to ciprofloxacin stress. Environ Microbiol. (2017) 19, 3930-3937.

2. Depluverez, S., Devos, S., Devreese, B. The Role of Bacterial Secretion Systems in the Virulence of Gram-Negative Airway Pathogens Associated with Cystic Fibrosis. Frontiers Microbiol. (2016) 7, 1336.

3. Ciesielska K, Roelants SL, Van Bogaert IN, De Waele S, Vandenberghe I, Groeneboer S, Soetaert W, Devreese B. Characterization of a novel enzyme-Starmerella bombicola lactone esterase (SBLE)-responsible for sophorolipid lactonization. Appl. Microb. Biotechnol. (2016) 100, 9529-9541.

4. Wen Y, Behiels E, Devreese B. Toxin-Antitoxin systems: their role in persistence, biofilm formation and pathogenicity. Pathog Dis (2014) 70, 240-249.

5. Wen Y, Behiels E, Felix J, Elegheert J, Vergauwen B, Devreese B, Savvides SN. The bacterial antitoxin HipB establishes a ternary complex with operator DNA and phosphorylated toxin HipA to regulate bacterial persistence. Nucleic Acids Res. (2014) 42, 10134-10147.