Computationeel kanker genoomonderzoek en tumor evolutie

CCGG-lab

Binnen deze onderzoekslijn maakt de onderzoeksgroep Anatomie en Embryologie gebruik van computationele benaderingen om carcinogenese bij de mens te bestuderen.

Het CCGG-lab richt zich op verschillende fasen van tumorevolutie, voornamelijk door het bestuderen van somatische mutatiepatronen in normale weefsels, primaire tumoren en tumormetastasen. Somatische mutaties zijn kleine DNA-fouten die zich tijdens het leven ophopen en uiteindelijk resulteren in de vorming van een kwaadaardige tumor. Het bestuderen van hun patronen heeft het potentieel om nieuwe kankergenen te identificeren, specifieke kwetsbaarheden voor kanker aan te geven, of fundamentele processen te onthullen die plaatsvinden tijdens de tumorevolutie, zoals tumor-immuuninteracties, de ontwikkeling van behandelingsresistentie of metastatisch gedrag.

Het laboratorium heeft ook een speciale interesse in ALK-signalering bij neuroblastoom en andere tumoren waarbij ALK-veranderingen zijn beschreven als genomische drijvende gebeurtenissen. Het doel van dit onderzoek is om nieuwe therapeutische doelwitten bij deze kankers te identificeren.

Onderzoeksprojecten

Tumorevolutie en immuunselectie

We gebruiken computationele benaderingen om neoantigenen en immuunselectiesignalen te bestuderen in grote, openbaar beschikbare genomische en transcriptomische datasets, en deze signalen te evalueren als vermeende biomarkers voor immunotherapiereacties.

 

Mutante klonen in normale weefsels

Recent bewijs suggereert dat somatische mutaties leiden tot de vorming van microkloon in meerdere histologisch normale epitheelweefsels, wat nieuwe inzichten oplevert in de vroege menselijke carcinogenese.

We streven ernaar om het somatische mutatielandschap van normaal weefsel van het menselijk lichaam te karakteriseren met behulp van post-mortemweefsel, verkregen van klinisch goed geannoteerde donoren van het hele lichaam, met behulp van verschillende DNA- en RNA-sequencing-benaderingen.

 

Neuroblastoom en ALK-signalering

ALK (anaplastisch lymfoomkinase) is een eiwit dat subgroepen van neuroblastoom en andere vormen van kanker aanstuurt. Dit multidisciplinaire en internationale project streeft naar het identificeren van nieuwe therapeutische doelen bij kankers waarbij genomische veranderingen in ALK zijn beschreven als genomische drijvende gebeurtenissen.

Samenwerkingsverbanden

Publications

Vragen?

  • Jimmy Van den Eynden, onderzoeker

https://ccgg.ugent.be/

+32 9 332 48 55