Computationeel kanker genoomonderzoek en tumor evolutie
Binnen deze onderzoekslijn gebruikt de 'Anatomy and Embryology Research Group' experimentele en computationele benaderingen om menselijke carcinogenese te bestuderen.
Kanker is een ziekte van het genoom. Het wordt veroorzaakt door de opeenvolgende accumulatie van DNA-fouten (somatische drivermutaties). Dit tumorvormingsproces begint in normale cellen en is een voorbeeld van Darwins evolutie, waarbij elke drivergebeurtenis resulteert in een groeivoordeel, positieve selectie en klonale expansie van de aangetaste cellen.
Het CCGG-lab streeft ernaar om tumorevolutie beter te begrijpen met behulp van state-of-the-art en nieuw ontwikkelde wet lab- en computationele benaderingen. Door nieuwe inzichten te verkrijgen in de belangrijkste mechanismen die ten grondslag liggen aan tumorevolutie, is het uiteindelijke doel om nieuwe diagnostische en therapeutische strategieën voor kankerpatiënten te identificeren.
De kernexpertise van het lab ligt in de analyse van somatische mutatiepatronen, ruimtelijke omics-toepassingen, machine learning en interactieve datavisualisatie. Analyses worden meestal uitgevoerd op next-generation sequencing-data, die afkomstig zijn van openbare repositories of nieuw gesequencete weefsels van kankerpatiënten, donoren van het hele lichaam (post-mortem weefsels) of experimentele modelsystemen.
Onderzoeksprojecten
Mutante klonen in normale weefsels
Recent bewijs suggereert dat somatische mutaties in kankergenen leiden tot microklonenvorming in meerdere histologisch normale epitheelweefsels, wat waarschijnlijk de basis vormt voor menselijke carcinogenese.
We willen bepalen hoe deze klonen en hun veronderstelde interacties uiteindelijk resulteren in kwaadaardige tumorvorming.
- onderzoekers: Jimmy Van den Eynden, Tom Luijts, Sofie Hoogstoel, Eden Pappaert
- fondsen: Bijzonder onderzoeksfonds, CRIG partnership grant, Fonds Wetenschappelijk Onderzoek – Vlaanderen, Kom op Tegen Kanker
Neuroblastoom
Neuroblastoom is de meest voorkomende kanker bij zuigelingen en is verantwoordelijk voor 15% van de kindersterfte door kanker.
Gebaseerd op de analyse van DNA- en RNA-sequentiegegevens verkregen uit verschillende experimentele modelsystemen (bijv. cellijnen, muizenmodellen), heeft dit multidisciplinaire en internationale project als doel om nieuwe therapeutische doelen te identificeren.
- onderzoekers: Jimmy Van den Eynden, Peter Merseburger, Eden Pappaert
- fondsen: Barncancer Fonden, Fonds Wetenschappelijk Onderzoek – Vlaanderen, Stichting Tegen Kanker, CRIG young investigator proof of concept (YIPOC) grant
Tumorevolutie en immuunselectie
Tumorevolutie wordt bepaald door interacties met het immuunsysteem, die uiteindelijk bepalen of en hoe een patiënt zal reageren op kankerimmunotherapie.
We ontwikkelen nieuwe computationele benaderingen om neoantigenen en immuunselectiesignalen te bestuderen in grote, openbaar beschikbare genomische en transcriptomische datasets en evalueren die signalen als mogelijke biomarkers voor immunotherapiereacties.
- onderzoekers: Jimmy Van den Eynden, Arne Claeys
- fondsen: Bijzonder onderzoeksfonds (BOF; Special Research Fund, Ghent University), Kom op Tegen Kanker (Stand up against Cancer)
Samenwerkingen
- Mutante klonen in post-mortem weefsels: Wouter Willaert, Anne Vral, Tim Lammens
- Huidkanker: Isabelle Hoorens
- Ontwikkeling van nieuwe ruimtelijke omics-technologieën: Jo Vandesompele
- Neuroblastoom: Frank Speleman, Kaat Durinck en Ruth Palmer (University of Gothenburg, Sweden)
- Schildklierkanker: Maxime Taribichi (Université Libre de Bruxelles)
- Peritoneale carcinomatose: Wim Ceelen en Wouter Willaert
Publicaties
Vragen?
- Jimmy Van den Eynden, onderzoeker
+32 9 332 48 55